Гидрология

...Гидрологическую сеть заповедника образуют реки, озера и болота.

...Река Керженец образует юго-западную границу заповедника. В долине р. Керженец хорошо выражена пойма и первая надпойменная терраса. Все остальные реки заповедника относятся к бассейну Керженца. Наиболее крупные из них - Вишня, Большая и Малая Черная, Пугай. Длина остальных рек меньше 10 км: Ухмантей, Рустайчик, Песчанка, Ржавка, Чернушка, Бугровка, Пугайчик. Весь водосбор реки Черной с впадающими притоками расположен на территории заповедника.

...Озера представлены в основном старицами и располагаются в поймах рек. В охранной зоне заповедника на водоразделе р.Керженец и р.Люнда расположено озеро Черное. Искусственные водоемы представлены прудами, канавами, противопожарными водоемами вдоль дорог.

...Территория заповедника - один из немногих участков Нижегородской области, где сохранились в есстественном состоянии крупные торфяные болота. В заповеднике известно более 30 торфяных болот общей площадью 3800 га. Преобладают болота небольших размеров (десятки га), несколько болот средней величины (менее 1 тыс. га) и только Вишенское и Масловское - крупные (более 1 тыс. га). С площади ряда торфяных месторождений стекают ручьи и речки, питающие Керженец. Поэтому роль болот в гидрологическом балансе территории заповедника чрезвычайно велика.
...Торфяные болота заповедника являются продолжением торфяных месторождений Вятско-Камкой торфяно-болотной области, что позволяет рассматривать их в районе заповедника в качестве эталонов, характерных для данной природной зоны.
...Большинство торфяных болот заповедника расположено в районе мощных водоносных песчаных отложений, подстилающих торфяную залежь на всей площади болот. К этим пластам приурочены грунтовые воды, которые взаимосвязаны с болотными....Заболачиванию способствует опускание территории, плоский рельеф с малыми уклонами и неглубокое залегание грунтовых вод.

Почвы

...Территория заповедника располагается в подзоне дерново-подзолистых и подзолистых почв с разной степенью оподзоленности, с включениями болотно-подзолистых и болотных почв. Лишь в северной части заповедника преобладают суглинистые почвы.

...На большей территории заповедника рельефообразующими породами являются водно-ледниковые пески, мощность которых неравномерна. В водоразделе Керженца и люнды она неравномерна и достигает 30 метров. Вся эта ледниковая толща послужила материнской породой для образования, главным образом, песчаных и супесчаных почв, которые под покровом хвойно-лиственного леса и в условиях избыточного увлажнения, превратились в подзолистые почвы с разной степенью оподзоливания.

Климат

...Климат Нижегородского Заволжья, расположенного в средней части умеренного пояса, умеренно-континентальный с холодной продолжительной зимой и теплым сравнительно коротким летом с достаточным увлажнением. Продолжительность зимы - 6 месяцев. Высота снега - до 1 метра. Весна - 1,5 месяца. Лето - 2,5 месяца. Осень - 2 месяца. Большую часть года преобладают Ю, ЮЗ и З ветра.