...В настоящее время на территории заповедника в отмечено 45 видов млекопитающих, принадлежащих к 18 семействам 6 отрядов.

...Из насекомоядных на территории заповедника обитают обыкновенный еж, бурозубки обыкновенная, средняя, малая, обыкновенная кутора, европейский крот.

...Обнаружены 6 видов рукокрылых: ночницы водяная и Брандта, рыжая вечерница, двухцветный кожан, лесной нетопырь и бурый ушан. Все они внесены в КК Нижегородской области с категорией "З" - виды, для которых охране подлежат ключевые местообитания.

...Из хищных на территории заповедника встречаются волк, лисица, енотовидная собака, медведь, рысь. Последний вид внесен в КК области.

...Обитают в заповеднике и более мелкие хищники, куньи: лесная куница, барсук, черный хорек, горностай, ласка норка (по-видимому, американская) и выдра. Последний вид занесен в КК области.

...В заповеднике имеется большое разнообразие грызунов: белка, бобр, лесная мышовка, водяная, рыжая, пашенная и обыкновенная полевка, ондатра, обыкновенный хомяк, лесная, желтогорлая, домовая, полевая мыши, мышь-малютка, садовая и лесная соня. Последняя занесена в Красную Книгу Нижегородской области. Обитает в заповеднике большое количество зайцев-беляков.

...Из копытных в заповеднике встречается лось и кабан. Зимой 1999 - 2000 г. кабан впервые зимовал на территории заповедника. По данным ЗМУ его численность на территорию заповедника в этот сезон составила 35 особей. До этого кабаны были проходящим видом. В данный момент есть подозрение на существование в заповеднике косули.

Как же изменилась численность млекопитающих за годы существования заповедника?

...Наибольший рост численности наблюдался на крупных видах животных, подвергавшимся ранее сильному прессу неумеренной охоты. Так, на первом ЗМУ (1994 год) не было обнаружено ни одного следа лося. В данный момент популяция лося на территории заповедника восстановлена и является достаточно устойчивой, а ее численность достигает в некоторые годы 150 особей. Кроме того, по утверждению борских охотоведов, после многие лоси с сопредельных с заповедником территорий после открытия охоты откочевывают на территорию заповедника.

...Численность волка на территории заповедника обычно не превышает 2-3 особей. В зимний период волки находятся в основном около п. Рустай, заходя периодически на его окраины. То же самое и с рысью, численность которой колеблется в разные годы от 3 до 7 особей. Численность лисицы падает, видимо, в связи с зарастанием вырубок и гарей, где этот хищник преимущественно охотится. И в самые "лисьи" годы этих зверей насчитывали около 20, а сейчас постоянно на территории заповедника обитает 5-6 зверей.

...Зато численность куницы в заповеднике возросла с 5 до 30 особей. Думаем, это также связано со снятием пресса охоты. Хорька в заповеднике немного: в среднем 2-3 особи. А вот численность мелких куньих (горностай, ласка) достаточно постоянна и колеблется, скорее всего, в силу естественных причин. Ласки и горностая в заповеднике в разные годы живет от 100 до 350 особей.

...То же для белки и зайца, численность которых является достаточно устойчивой, хотя и не постоянной. В нашем заповеднике в "хорошие" годы может обитать до 1800 зайцев и 1200 белок.