...Для территории заповедника можно отметить следующие особенности:

1. Значительные по площади и разнообразию болота: от верховых до низинных, с разветвленной гидрологической сетью, включающей полный водосбор р.Черной, что позволяет вести изучение изменений гидрологического режима, обусловленных воздействием как абиотических (природные условия), так и биотических факторов (деятельность бобров, изменение водоохранных свойств леса в ходе восстановление после рубок и пожаров).

2. Значительные площади горельников 1972 года и последующих лет, а также вырубок до 1993 года, находящихся в разных стадиях зарастания и подвергающихся антропогенным воздействиям разной степени, что дает возможность широкого выбора модельных участков для изучения процессов естественного восстановления природных комплексов разной степени нарушенности.

3. Выделение на территории заповедника ряда зон и участков (зона абсолютного покоя, зона покоя, зона взаимодействия, участок ограниченного хозяйственного использования, участок рекреационно-экскурсионного использования) дает возможность вести наблюдения за состоянием природных комплексов при разных формах антропогенного воздействия, определять предельно-допустимый уровень рекреационной нагрузки, вырабатывать оптимальные формы рационального природопользования.

4. Однородность биогеоценозов на территории заповедника не позволяет считать ее репрезентативной для оценки всех природных комплексов Нижегородского Заволжья. Почти полностью отсутствуют климаксовые сообщества, темнохвойные еловые и пихтовые леса, крупные озера ледникового происхождения.

5. Территория заповедника расположена неподалеку от крупного мегаполиса - Н.Новгорода, недалеко от городов Бор, Семенов, Лысково, на территории заповедника находится п. Рустай.

...Кроме того, природные комплексы заповедника в прошлом подвергались сильному антропогенному воздействию:

1. Гидромелиорация, нарушающая естественный гидрологический режим, особенно в местах крупномасштабных разработок торфа;

2. Пожары, ставшие особо частым явлением на местах гарей 1972 года, и интенсивная рубка леса, превышающая естественный ход сукцессионных процессов и резко нарушающие нормальную видовую и возрастную структуру растительных сообществ;

3. Перепромысел ценных охотничье-промысловых видов фауны, вызвавшей резкое снижение численности ряда видов, требующих теперь неотложных и энергичных мер по их охране;

4. Возрастающая рекреационная нагрузка, угрожающая в отдельных местах привести к деградации уникальных природных комплексов.