...В системе ботанико-географического районирования территория заповедника принадлежит к Голарктическому доминиону, Евразийской таежной (хвойнолесной) области, Северо-Европейской таежной провинции, Валдайско-Онежской подпровинции и находится на ее границе со Средне-Русской подпровинцией Восточно-Европейской провинции Европейской широколиственной области.

...По ботанико-географическому районированию Нижегородской области территория заповедника находится в Керженско-Люндовом борово-болотном подрайоне хвойно-лесного района.

...На песчанных почвах преобладают сосновые леса, являющиеся коренной растительной формацией заповедника. Сосняки занимают не менее 60 % площади заповедника. Однако высоковозрастные - спелые и приспевающие сосновые леса сохранились лишь небольшими фрагментами в северо-западной части территории заповедника (кв. 43-46, 73-74 и 100). Эти леса большей частью входят в водоохранную зону р. Керженец, что и позволило им сохранится до наших дней. На остальной территории леса подвергались интенсивным сплошным рубкам, либо пострадали от пожаров (особенно в 1972 году). Поэтому сосняки заповедника на 90% представлены молодняками и средневозрастными насаждениями, причем до ? этих насаждений - культуры сосны. Вследствии рубок и лесных пожаров большая часть сосновых лесов занята произвольными ассоциациями, представляющими различные этапы восстановления после рубок или пожаров. Сосняки заповедника можно разделить на три субформации: сосновые леса, елово-сосновые леса и сосновые леса с примесью широколиственных пород.
Сосновые леса - наиболее широко представленная субформация, характерезующаяся наиболдьшим фитоценологическим разнообразием. В ее составе выделяются 4 группы ассоциаций: сосняки лишайниковые, сосняки зеленомошные, сосняки черничные и сосняки сфагновые.
Елово-сосновые леса приурочены к ровным или слегка пониженным участкам с дерново-подзолистыми супесчаными почвами.
Сосновые леса с примесью широколиственных пород встречаются на небольших площадях в северной части заповедника. Располагаются на ровных хорошо дренированных участках плато. Почвы дерново-подзолистые супесчаные с прослойками суглинков. В настоящее время такие леса представлены только молодняками, возникшими на месте выврубок.
Еловые леса занимают в заповеднике ничтожные площади. Более или менеезначительные участки ельников (по 10-20 га) имеются только в северо-западной части его территории, примыкающей к р. Керженец - кв. 43-44, 72-74. Неповрежденных участков елового леса осталось очень немного и полное представление о ценотическом разнообразии коренных ельников составить трудно. Тем не менее, еловые леса - единственная зональная коренная формация, тогда как сосняки и болота - явление интерзональное. Ельники занимают ровные невысокие участки водоразделов, достаточно увлажненные, но без застоя влаги. Почвы дерново-подзолистые супесчаные, подстилаемые суглинками, изредка - легкосуглинистые. Представлены следующие группы ассоциаций: ельники липовые (сложные), ельники кисличные, ельники зеленомошные, ельники черничные, ельники приручьевые.
Ольховые леса из ольхи черной приурочены к долинам лесных речек и ручьев, занимают заболоченные их участки, с избыточным слабопроточным увлажнением. Черноольшанники встречаются также по периферии переходных болот. В целом они занимают небольшие площади, но являются характерным интерзональным элементом растительного покрова заповедника.
Березовые леса - вторая после сосняков по распространенности растительная формация, занимающая около 35% площади лесов заповедника. В подавляющем большинстве березняки вторичны и возникли на месте вырубленных или сгоревших коренных лесов - главным образом сосновых и отчасти еловых.
Дубовые леса встречаются небольшими участками в пойме р. Керженец. Приурочены к высоким дренированным участкам поймы и первым надпойменным террасам с аллювиальными почвами.

Площадь лугов занимает всего 0,5% территории заповедника. Они встречаются в поймах рек и речек и на месте бывших поселков. Часть лугов используются местным населением под сенокосы. Часть в данный момент интенсивно зарастает.

Болота - второй после лесов по распространению и значению тип растительности заповедника. Они в той или иной степени представлены на всей его территории. Преобладают болота верхового и переходного типов. Из верховых болот встречаются пушициево-сфагновые, сосново-кустарничко-сфагновые, сосново-пушициево-кустарничково-сфагновые. В заповеднике встречаются переходные болота двух типов, в зависимости от наличия или отсутствия древесного яруса. Наиболее распространен в заповеднике 1-й тип: березово-сосновые и березовые кустарничко-осоково-сфагновые сообщества. 2-й тип переходных болот: кустарничково-травяно-сфагновые и травяно-сфагновые. Низинные болота травяные, травяно-гипновые и осоково-гипновые.

...По сведеньям на 2000 год на территории заповедника выявлено 103 вида водорослей, 283 вида грибов, 205 видов лишайников, 160 видов мохообразных и 593 вида сосудистых растений.

...На территории заповедника также выявлено ряд редких видов, занесенных в красные книги России и Нижегородской области: 14 видов высших сосудистых растений (манник литовский, осоки двудомная, малоцветковая, плетевидная и ситничковая, пыльцеголовник красный, ладьян трехнадрезный, неоттианта клобучковая, береза приземистая, кувшинка малая, кувшинка малая, печеночница благородная, мытник скипетровидный, подмаренник трехцветковый, рдест волосовидный), 2 вида плаунов (баранец обыкновенный и плаунок топяной), 2 вида папоротника (гроздовники полулунный и многораздельный), 10 видов грибов и 19 видов лишайников. Из интересных находок следует отметить сосну Банкса, которая обнаружена в посадках.